Các cánh quân chư hầu chống Đổng Trác giải tán và quay sang đánh lẫn nhau. Năm 192, Đổng Trác bị Vương Doãn và Lã Bố giết chết. Để báo thù cho Đổng Trác, Ngưu Phụ sai Lý Thôi cùng Trương Tế và Quách Dĩ sát hại vài trăm người Tinh châu - đồng hương với Vương Doãn và Lã Bố - ở trong vùng đất mình cai quản; sau đó mang quân chém giết dân thường ở Trung Mâu, Dĩnh Xuyên, Trần Lưu[2].

Vương Doãn sai Lã Bố đi đánh dẹp Ngưu Phụ. Lã Bố bị thua trận chạy về Trường An. Ngưu Phụ thắng trận nhưng bị thủ hạ là Hồ Diệc Nhi giết chết, mang đầu đến Trường An nộp cho Vương Doãn.

Lúc đó Quách Dĩ, Lý Thôi và Trương Tế vô cùng lo sợ, bèn dâng biểu về Trường An xin đầu hàng, cầu khẩn Vương Doãn tha tội theo Đổng Trác. Vương Doãn không đồng ý xá tội cho Quách Dĩ và các tướng.

Ba tướng định giải thể quân ngũ và trốn về Lương châu, nhưng sau đó nghe theo mưu sĩ Giả Hủ khuyên bèn cất quân Lương châu nổi dậy báo thù. Quân Lương châu giết được Từ Vinh do Vương Doãn sai ra chống trả, sau đó được Hồ Chẩn ngả theo đầu hàng. Ít lâu sau, Quách Dĩ và Lý Thôi được một bộ tướng của Đổng Trác là Phàn Trù tập hợp, dần dần được hơn 10 vạn quân, rầm rộ tấn công Trường An.

Lã Bố chống cự trong 8 ngày, cuối cùng không giữ nổi. Lý Thôi và Quách Dĩ thúc quân tràn vào thành. Lã Bố bỏ thành chạy trốn. Vương Doãn không chịu chạy trốn cùng Lã Bố, cùng vua Hiến Đế chạy lên lầu trú. Quân Lương châu tới vây lầu, lúc đó Vương Doãn mới vội vã ra lệnh đại xá cho các tướng, phong cho Lý Thôi làm Dương vũ tướng quân, Quách Dĩ làm Dương liệt tướng quân, Phàn Trù làm Trung lang tướng[3].

Nhưng Quách Dĩ và các tướng không chấp nhận, giết Vương Doãn cùng mấy chục gia quyến. Lý Thôi và Quách Dĩ sai người tìm xác Đổng Trác nhưng không còn, bèn gom tro xác lại bỏ vào quan tài và làm lễ an táng[4].